Việc bị buộc phải mở cửa các hải cảng và chấp nhận thuế nhập khẩu thấp cho các nước phương Tây đã khiến Nhật Bản bị chia rẽ. Phong trào đấu tranh chống Mạc phủ Tokugawa bùng nổ khắp nơi trong thập niên 60 của thế kỷ XIX với sự lãnh đạo của các đại danh vốn trước đây bề ngoài khuất phục Mạc phủ Tokugawa đã lấy cớ Mạc phủ để cho đất nước rơi vào cảnh giống như nhà Thanh lúc đó trước sự lấn lướt của phương Tây, liền nổi dậy chống lại Chinh di Đại tướng quân. Tướng quân (Shogun), phần vì không muốn, phần vì không thể chống lại sự nổi loạn đó, đã nhân nhượng và rốt cục giải thể Mạc phủ. Một số võ sĩ cấp tiến có đầu óc cải cách (phần lớn không có nguồn gốc thế tập) và quý tộc ở triều đình đã nhân cơ hội nắm lấy quyền lãnh đạo đất nước. Họ nêu khẩu hiệu "Tôn vương, nhương di" (尊王攘夷, sonno joui) nhằm khôi phục lại Đế quyền. Song thực chất họ là những người đứng đầu triều đình, vì Thiên hoàng Mutsuhito lúc ấy chỉ mới 14 tuổi. Với khẩu hiệu nói trên, và với đất đai rộng lớn của Chinh di Đại tướng quân mà họ tiếp quản, triều đình mới đã có được sự ủng hộ của các đại danh nổi loạn và nguồn lực tài chính để thực hiện các cải cách.

Tháng 12 năm 1867 chế độ Mạc phủ Tokugawa chấm dứt. Ngày 3 tháng 1 năm 1868, chính quyền mới do Thiên hoàng Minh Trị bổ nhiệm được thành lập. Giai cấp tư sản chưa được tham gia chính quyền, nhưng chế độ mới tạo điều kiện cho chủ nghĩa tư bản phát triển, nên họ ủng hộ chính quyền mới. Thời kì Minh Trị (Minh Trị 明治, nghĩa là "sự cai trị sáng suốt") bắt đầu.